ریکا ایسوروگی (چیهیرو یاماموتو)، رهبر قبیله روباه، در حال تحقیق درباره «نیلوفر سفید» است؛ فرقه‌ای مرموز که مشکوک به برنامه‌ریزی برای شورش علیه شوگون‌سالاری است. او در طول مأموریت خود با اوکیو (کانون میاهارا)، نینجایی از قبیله فوما که توسط شوگون فرستاده شده، روبرو می‌شود. مسیر زندگی آن‌ها با مواجهه با یک دشمن مشترک سهمگین یکی می‌شود: قبیله نینجاهای ایگا به رهبری هاتوری هانزو (کین کوسوگی) که کینه‌ای عمیق از خاندان توکوگاوا به دل دارد. اکنون یک نبرد سه جانبه میان قبیله روباه، نینجاهای فوما و نینجاهای ایگا در آستانه آغاز است.

دورانی که سامورایی‌ها و نینجاها در ژاپن حضور داشتند. ریکا ایسوروگی در یک قبیله نینجا و به دور از جامعه متولد و بزرگ شده است. او به زودی با میا ملاقات می‌کند؛ دختری با یک نیروی مرموز که در کوهستان گم شده است. در حالی که ریکا نگران است که کسی میا را تعقیب می‌کند، از رئیس قبیله نینجای ایسوروگی نیز اجازه می‌خواهد تا انتقام مرگ پدرش را بگیرد. به زودی ریکا با حمله گروه نگورو با خطر روبه‌رو می‌شود اما...

ایبوکی آراکونی یک دانش‌آموز دبیرستانی است که فاصله زیادی با یک دانش‌آموز نمونه دارد. او یک دوست دوران کودکی به نام هونکو آکابانه دارد که در همان دبیرستان ایبوکی تحصیل می‌کند.